一般に売られているプロテインはホエイ、ソイ、カゼインの３種が主にあります。
中でもホエイかソイで悩む人がいらっしゃると思います。
ホエイとソイのプロテインの差ですがアミノ酸構成においてはさほど差はありません。
メーカーによってはEAA（必須アミノ酸）の量がソイにおいて若干劣るものもありますが、気にするレベルでもないようです。
ただ大きく異なる点は吸収速度の差です。
ホエイはソイやカゼインに比べて吸収速度が早いです。
吸収速度とアミノ酸構成はタンパク質合成に大きく関わってきます。
トレーニング後に３種のプロテインを摂った場合のタンパク質合成を調べたところホエイが一番良い数値を示し、ソイ、カゼインの順番でした。

タンパク質摂取が枯渇している朝や素早く体にとり入れたいトレーニング後などはホエイを選択するのが良いでしょう。
食感や昼食、夕食などのタンパク質源として摂取する場合は腹持ちの良いソイを選択するのも良いと思います。
また就寝時は長時間栄養が摂取できないので就寝前にゆっくりと吸収するソイやカゼインを摂取するのは良い方法です。

あとホエイは乳糖が入ってますのでホエイを飲むとお腹がゴロゴロする方はソイを選択されると良いでしょう。
またソイは大豆が原料なのでヴィーガンの方やイソフラボンをとりたい女性などにはおすすめです。
ただソイをとるとお腹が張る方もいらっしゃるのでそういう方はホエイを選択してください。（女性で下腹がぽっこりする方で納豆や豆腐などの大豆製品を減らしたり止めたりすると改善される場合があります。）

またタンパク質の摂取量についてですがトレーニングを週に３回以上しっかりとされている方は体重１kgあたり1.５gから２g程をとられると良いと思います。

週に１回くらいの方はトレーニング日と翌日の２日間を体重１kgあたり1.５gから２gほど摂取すれば良いと思います。

運動やトレーニングをされてない方は体重１kgあたり１g程を摂取すれば良いと思います。

体脂肪が非常に多い方はこれよりも少なくしましょう。
トレーニングされてる場合は除脂肪体重１kgあたり2.2g程で良いと思います。

ただし体重１kgあたり1.６gまではWHOにおいても安全とされているのでちょっと多めに飲んでも消化に問題がなければ良いと思います。
異常にガスが出る場合や屁が異常に臭い場合は消化不良気味ですのでタンパク質の摂取量を減らすか摂取源の種類を変えてみましょう。

厚生省が推奨するタンパク質量は男性６０g 女性５０gです。
ちなみに５０gですと納豆１パック＋卵１個＋鶏胸肉（皮なし）１５０g程です。

最近タンパク質が入っている商品が多く出ていますし、プロテインもトレーニングしていない方も飲んでいるようです。
ただトレーニングをしていない場合は必要量以上にとることもないです。
プロテインはあくまで食事でとりきれない分の補足として摂取するのが良いです。足りないのはダメですけどね。